办理消防安全合格证的流程如下：

经营主体需向公安机关消防机构提交申请。所需材料包括：

1. 消防安全检查申报表。

2. 营业执照复印件或工商行政管理机关出具的企业名称预先核准通知书。

3. 法律文件的复印件，证明已依法完成建设工程的消防验收或备案。

4. 消防安全制度及灭火和应急疏散预案。

5. 若与其他单位共享同一建筑物，需提交与该单位的消防安全管理协议复印件。

6. 员工岗前消防安全教育培训记录及自动消防系统操作人员的职业资格证书复印件。

7. 其他依法需提交的材料。

对于依法实行竣工验收消防备案但未进行验收备案抽查的公众聚集场所，还需提供场所室内装修的消防设计施工图、消防产品质量合格证明及装修材料符合国家或行业标准的证明文件和出厂合格证。